OSX 10.11から、入力ソースの切り替えが Ctrl-Space になっていて、Emacsのset-mark-command とかぶるようになってしまった。
不便なので、入力ソース切り替えは10.10以前のように Apple-Space へ変更。 そうすると、「Spotlight検索を表示」のキーとダブってしまうので、こちらを Ctrl-Space へ変更して、チェックをはずす。
※Macの日本語キーボードを使っている場合は、スペースキー両側のかな/英数キーで切り替えするのでこのような設定は不要ですが、普段英語キーボードを使っているのでこの設定は必須なのです。