OSX 10.11から、入力ソースの切り替えが Ctrl-Space になっていて、Emacsのset-mark-command とかぶるようになってしまった。
不便なので、入力ソース切り替えは10.10以前のように Apple-Space へ変更。 そうすると、「Spotlight検索を表示」のキーとダブってしまうので、こちらを Ctrl-Space へ変更して、チェックをはずす。